La Garonne occupe une place tout à fait unique à l’échelle européenne. Elle est aujourd’hui le dernier fleuve d’Europe à accueillir encore l’ensemble des huit principaux poissons migrateurs amphihalins (Les amphihalins sont des poissons migrateurs qui vivent entre eau douce et salée), espèces emblématiques qui alternent entre milieux marins et continentaux pour accomplir leur cycle de vie. Ce caractère exceptionnel confère au bassin de la Garonne une responsabilité majeure en matière de préservation de la biodiversité et justifie pleinement les actions menées dans le cadre des politiques publiques de l’eau et de Natura 2000. 

Ces huit espèces sont :

• l’Anguille européenne,
• le Saumon atlantique,
• la Truite de mer,
• la Grande alose,
• l’Alose feinte,
• la Lamproie marine,
• la Lamproie fluviatile,
• l’Esturgeon européen, 

Plusieurs de ces poissons migrateurs sont protégés à l’échelle nationale et européenne (classement Natura 2000) et figurent parmi les espèces d’intérêt communautaire, nécessitant une attention particulière quant à la préservation de leurs habitats et de leurs axes de migration. 

Une richesse menacée ...  

Malgré cette richesse biologique, l’état des populations de poissons migrateurs demeure globalement contrasté et souvent préoccupant. Plusieurs espèces présentent des effectifs fragiles ou vulnérables, parfois en déclin, en lien notamment avec :

• les obstacles à la migration,  
• la dégradation des habitats,
• et les pressions cumulées sur le milieu.

Ces pressions que subissent les migrateurs peuvent avoir lieu dans le fleuve, mais également dans l’océan où il est aujourd’hui difficile de définir les causes de ces déclins qui sont multifactorielles. C’est notamment le cas du saumon où les populations à l’échelle européenne, malgré les actions de repeuplement, ont chuté depuis 2 années.  

Par ailleurs les pressions sont accentuées avec les effets du changement climatique qui influent, entre autres, sur les débits et la température de l’eau. 

... Mais capable de résister !
Malgré des chutes de population très importantes lors des dernières années, certaines espèces arrivent à rebondir. C’est notamment le cas de l’Anguille européenne sur le bassin de la Garonne, où les suivis montrent une nette augmentation des effectifs, illustrée par le passage de plus de 400 000 anguilles au niveau de l’ouvrage de Golfech en 2025. Ce signal encourageant témoigne des effets positifs des actions engagées sur le bassin, tout en rappelant la nécessité de maintenir les efforts à long terme, l’Anguille restant une espèce fortement menacée à l’échelle européenne. Le Saumon atlantique et la Truite de mer présentent quant à eux des populations variables mais vulnérables, tandis que les aloses et les lamproies demeurent sensibles aux ruptures de continuité écologique. L’Esturgeon européen, enfin, ne subsiste plus qu’au travers d’un programme de sauvegarde, illustrant les enjeux majeurs de restauration du fonctionnement écologique du fleuve. 

Le rôle des acteurs du territoire : 

La gestion et la restauration de ces espèces s’inscrivent dans le cadre de la politique des poissons migrateurs (POMI), pilotée par le COGEPOMI (Comité de Gestion des Poissons Migrateurs). Cette politique est déclinée opérationnellement à travers le PLAGEPOMI (Plan de Gestion des Poissons Migrateurs), document stratégique qui fixe les objectifs de conservation, de restauration et de gestion des populations à l’échelle du bassin, en intégrant l’ensemble du cycle de vie des espèces et les enjeux de continuité écologique, de qualité des habitats et de conciliation des usages.

À l’échelle du bassin, l’EP Garonne, Gascogne et affluents pyrénéens assure depuis 2007 la coordination de la mise en œuvre de cette politique, en veillant à la cohérence des actions conduites par les différents acteurs. Il joue un rôle central d’animation et de coordination territoriale, en lien avec les collectivités, les services de l’État et les gestionnaires de sites Natura 2000, afin de garantir une approche globale et concertée de la préservation des poissons migrateurs et de leurs habitats.

Pour appuyer cette action, l’EP Garonne s’appuie sur l’expertise scientifique de MIGADO, structure de référence pour la connaissance des poissons migrateurs du bassin Garonne-Dordogne-Estuaire de la Gironde. MIGADO contribue à la production de données scientifiques, au suivi des populations, à l’analyse des phénomènes migratoires et à l’évaluation des actions mises en œuvre. Cet appui scientifique est essentiel pour objectiver l’état des populations, mesurer les résultats obtenus et adapter les politiques publiques dont la politique migrateurs Garonne et les dispositifs Natura 2000.

À travers ces actions coordonnées, la Garonne demeure un fleuve vivant et fonctionnel, support d’un patrimoine naturel exceptionnel. Préserver les poissons migrateurs, c’est préserver l’identité écologique du fleuve et relever un enjeu majeur de biodiversité à l’échelle européenne.

L’Etablissement Public Garonne Gascogne et affluents pyrénéens organise une journée poissons migrateurs le 29 juin 2026 afin de traiter de l’ensemble des actions.